Конгресот е највисок орган на КСС. Конгресот се свикува на 5 години.
Одлука за одржување на Конгрес донесува Конференцијата на КСС, најмалку 60 дена пред неговото одржување.
Бројот на делегатите на Конгресот го утврдува Извршниот одбор. Членови на Конгресот по функција се членовите на Конференцијата.
Конгресот избира Работно Претседателство и усвојува Деловник за работа. За расправата и одлуките се води записник.
Конгресот на КСС ги има следните надлежности:
- усвојува програмски документи на КСС;
- усвојува Статут на КСС;
- усвојува извештај за материјално-финансиското работење на КСС во меѓуконгресниот период;
- избира Претседател на КСС.
Вонреден Конгрес се свикува со одлука на Конференција по иницијатива на најмалку една половина од гранските синдикати кој опфаќаат најмалку две третини од членството на КСС. Делегати на Вонреден Конгрес се оние кој биле избрани за делегати на редовен Конгрес.
Конференцијата е највисок орган на КСС, помеѓу два Конгреса. Конференцијата ја сочинуваат избрани членови од гранските синдкати кои ќе се утврдат со посебна Одлука на Извршниот Одбор.
Членовите на Извршниот одбор учествуваат во работата на Конференцијата, но без право на глас.
Конференцијата ги има следните надлежности:
- го разгледува и усвојува годишниот извештајот за материјално-финансиското работење на КСС;
- дава иницијативи, предлози и размислувања во постапката за донесување на закони и други прописи кои се од интерес за синдикатите;
- предлага и донесува одлуки за различни облици на предупредување и притисок, вклучувајќи и генерален штрајк, во согласност со закон и колективен договор;
- утврдува кандидати за претседател на КСС и за членови на Надзорен одбор;
- донесува одлуки за измена и дополнување на Статутот на КСС, но најмногу до 1/3 од одредбите содржани во него;
- донесува одлука за свикување на Конгрес;
- предлага конгресни документи и др.
Конференцијата работи на седници.
Извршниот одбор е извршен орган на КСС. Извршниот одбор ги има следните надлежности:
- ја имплементира програмата и другите документи усвоени од Конгресот и Конференцијата;
- дава предлози, мислења и сугестии на прашања сврзани со колективното преговарање, организациските и законските цели и програми до органите на КСС и надлежни институции;
- врши избор на генерален секретар, на предлог на претседателот;
- усвојува одлуки кои произлегуваат од тековното работење на КСС;
- формира стручна служба на КСС;
- подготвува финансиски план и програма за секоја наредна година;
- врши избор на делегати и членови во органите на други асоцијации;
- определува критериуми за избор на претседател.
За својата работа Извршниот Одбор е одговорен пред Конференцијата на КСС.
Надзорниот одбор е орган на Конгресот на КСС. Мандатот на членовите на Надзорниот одбор трае 5 години, без можност за повторен избор. Надзорниот одбор ги има следните надлежности:
- Да врши контрола на материјално-финансиското работење на КСС;
- Да соработува со инспекиските служби задолжени за финансиското работење согласно законските прописи.
Надзорниот одбор им поднесува годишен извештај за материјално-финансиското работење на КСС на Извршниот одбор и на Конференцијата на КСС.
Надзорниот одбор му поднесува извештај за својата работа и за материјално-финансиското работење на КСС во меѓуконгресниот период, на наредниот Конгрес на КСС.
Претседателот го избира Конгресот на КСС, со мандат од 5 години, со можност за повторен избор.
Тој е истовремено претседател на Конференцијата, Претседателството и на Извршниот одбор на КСС. Претседателот на КСС ги свикува и раководи со седниците на Конференцијата, Претседателството и на Извршниот одбор. Претседателот на КСС ги има следните надлежности:
- учествува во работата на органите на КСС и пред истите покренува иницијативи од интерес за организацијата;
- преговара со социјалните партнери на национално ниво;
- ги потпишува колективните договори на национално ниво по претходно добиено овластување од Извршниот одбор;
- организира прес конференции и јавни настапи;
- ги потпишува сите акти донесени од органите на КСС;
- дава предлог до Извршниот одбор за избор на генерален секретар;
- соработува и ја претствува КСС пред невладини организации, здруженија и меѓународни синдикални организации и
- врши други работи во согласност со Статутот.
За својата работа Претседателот е одговорен пред Конгресот на КСС.
Претседател на КСС е Благоја Ралповски.
Претседателството на КСС го сочинуваат сите Претседатели на гранските синдикати на КСС.
Со Претседателството раководи Претседателот на КСС. Претседателството има консултативна улога и истото може да дава предлози, мислења и сугестии до Извршниот одбор на КСС.
Иницијатива за свикување на седници на Претседателството, може да дадат најмалку повеќе од половината членови на истото со конкретен предлог на прашања со кое бараат свикување на седница на Претседателството.
Претседателството се свикува по потреба, а најмалку еднаш на шест месеци.